De toren en kerk zijn altijd het zorgenkindje van Hindeloopen geweest. In 1570 werd de kerk verwoest door bannelingen uit West-Friesland. Pas twintig jaar later werd het bedehuis herbouwd. De nieuwe kerk hield het niet lang vol, want hij was al snel te klein. Hij werd afgebroken en op de fundamenten werd in 1632 een nieuw kerkgebouw neergezet.

De zuidbeuk werd een kwart eeuw later toegevoegd, maar in 1892 wegens bouwvalligheid weer weggebroken. Men had ook geen tweede beuk meer nodig, omdat het inwoneraantal inmiddels geslonken was. De 49 meter hoge Westertoren is in 1683 van klokken voorzien, die in Leeuwarden waren gegoten.

In oktober 1701 werd de toren tijdens een kerkdienst door de bliksem getroffen. De bovenste drie omgangen moesten worden gesloopt om te voorkomen dat ze op de kerk zouden vallen. Pas in 1734 was er genoeg geld om de toren te herstellen. Tijdens de 2e Wereldoorlog werden de klokken weggehaald.

In de jaren '70 is tijdens de restauratie de toren een beetje 'opgekrikt' omdat hij 1.20 meter uit het lood hing. Nog steeds lijkt het alsof de toren de neiging heeft op de kerk te vallen.